Il principale problema di deterioramento dei prodotti da forno é rappresentato dallo sviluppo di muffe e dai processi di degradazione chimica. Poiché il valore di attività dell'acqua nei prodotti da forno é relativamente basso, la crescita di microrganismi differenti dalle muffe costituisce raramente un problema.
Lo sviluppo delle muffe, microrganismi aerobi, può essere efficacemente controllato mediante il confezionamento in atmosfera protettiva con l'impiego di anidride carbonica.